Galvanize, я не в курсе ни ваших последовательности действий, ни всего остального. Так что:
Скачать стабильную версию клиента, utorrent 1.7.7 в частности, 1.8 были жалобы, может уже все исправили. Создать папку для для расшаривания, куда все будет скачиваться и соответственно сидироваться.
Проверить все настройки. Если с английским в порядке, то пожалуйста, если нет, то для разбора полетов скачивайте русский язык.
Выходить из клиента лучше через паузу всех закачек по правой кнопке в трее.
Если еще будут вопросы, то на торрентс.ру есть темы по настройкам большинства клиентов.
P.S с данной ситуацией сталкивалась всего один раз за много лет, так что что то Вы делаете не так. Возможно, в utorrent'е например есть настройка "перемещать законченные загрузки в другую папку". Файл на трекере может быть перезалит, трекер глючный и т.д и тп.