Плагин импорта от RC1 импортирует кости каким-то странным образом, что в Bone Tool их имена не отображаются (а как было мною замечено, их порядок отличается от порядка в Simgeom)
Плагин импорта, который поставляется в комплекте с RC2 импортирует в милку уже кости с нормальными именами. Насколько я заметила по версиям файлов, экспортный плагин они не меняли.
Аксессуары я пока все делала через Simgeom, но провела такой же эксперимент, что и Вы: взяла меш топа, импортировала его в милкшейп и экспортировала без изменений. Сначала я использовала плагины от RC1 и получила уродца с завязанными в узел руками. Потом - плагины от RC2, и получила нормальный бодимеш, который ещё и толстеет правильным образом)) Правда мне не понравилось, что я не могу наложить Specular и Normal мэпы от топа на часть боттома.