Трудовая инспекция может проверить, как все кадровые документы (за определенный период или за все время существования организации), так и часть документов, например, на предоставление отпуска. Это зависит от того, какая проводится проверка. Если плановая - проверят все документы. Если проверка проводится по жалобе сотрудника (а он, как правило, хочет остаться анонимным), то проверят только документы, которые относятся к вопросам жалобы. Например, сотрудник пожаловался, что ему не предоставили отпуск, значит трудовая инспекция проверит все документы на предоставление отпусков за определенный период.
Вообще, трудовая инспекция в первую очередь требует унифицированные формы, если у вас их нет, либо не все документы, которые положено вести в униф. формах в них ведутся, то вы попадете на штрафы. Штраф на организацию единоразово может быть до 50 тыс. руб. Иногда штрафуют еще и руководителя организации либо начальника ОК до 5 тыс. руб. Знаю случаи, когда руководителя даже дисквалифицировали по решению суда (запрещали занимать должность директора в этой организации до 3-х лет), правда этот руководитель вел себя очень борзо и не воспринимал трудовую инспекцию всерьез. А зря...